Με την κατάκτηση του Περού από το Φρανσίσκο Πιζάρρο, κάηκαν οι γραπτές πηγές του πολιτισμού των Ίνκα. Συνεπώς, η γνώση για τη μυθολογία του λαού αυτού προέρχεται από όποιες καταγραφές υπήρχαν εκείνη την περίοδο, από την αρχιτεκτονική και τα αγγεία των Ίνκα, καθώς και από τους μύθους και τους θρύλους που επέζησαν μες στην προφορική παράδοση των ιθαγενών.

Ιδρυτικός μύθος
Ο Μάνκο Κάπακ ήταν ο θρυλικός ιδρυτής της δυναστείας των Ίνκα στο Περού και στο Κούζκο. Γύρω από την προσωπικότητά του περιστρέφονται πολλοί θρύλοι. Σύμφωνα με έναν από αυτούς, ο Μάνκο Κάπακ ήταν γιος του Βιρακότσα, ενώ άλλος θρύλος λέει ότι ανήλθε από τα βάθη της λίμνης Τιτικάκα μέσω του θεού του ήλιου, Ίντι.
Σχετικά με την ίδρυση της πόλης Κούζκο, υπάρχει ο εξής μύθος: ο Μάνκο Κάπακ κι ο αδερφός του, Πατσακαμάκ, ήταν γιοι του θεού Ίντι. Μαζί με τα υπόλοιπα αδέρφια τους, στάλθηκαν από τον Ίντι στη γη μαζί με ένα χρυσό ραβδί, υπαγορεύοντάς τους να χτίσουν ένα Ναό αφιερωμένο στο θεό Ήλιο όπου προσγειωνόταν το ραβδί. Το χρυσό ραβδί βυθίστηκε στο Κούζκο, που ονομάστηκε ομφαλός του κόσμου.
Θεότητες
Όπως και στη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία, οι Ίνκα επέτρεπαν στους πολιτισμούς που ενσωματώνονταν στην αυτοκρατορία τους να διατηρήσουν τη θρησκεία τους, συενπώς υπάρχουν πολλές θεότητες με παρόμοιους ρόλους.

• Άπου: θεός των βουνών
• Αποκατεκίλ: θεός των κεραυνών
• Αταγκούτσου: θεός που συνέβαλε στη δημιουργία του κόσμου
• Κατεκίλ: θεός των αστραπών και των κεραυνών
• Καβιγιάσε ή Καβιγιάκα: παρθένα θεότητα. Από ένα λουλούδι γέννησε ένα γιο, που αποδείχτηκε πως ήταν παιδί του θεού της σελήνης, Κονιράγια. Ντροπιασμένη, ρίχτηκε στη θάλασσα μαζί με το γιο της.
• Τσάσκα: θεότητα της αυγής και του λυκόφωτος, προσωποποίηση της Αφροδίτης. Προστάτευε τις νεαρές κοπέλες.
• Μάμα Κόκα ή Κοκομάμα: θεότητα της υγείας και της ευτυχίας.
• Κονιράγια: θεός της σελήνης, εμπλέκεται στο μύθο της Καβιγιάκα.
• Κοπακάτι:θεά των λιμνών
• Εκκέκο: θεός των λιβαδιών και της ευζωίας. Οι πιστοί έφτιχναν ομοιώματά του με τις επιθυμίες τους και πίστευαν ότι λάμβαναν αυτό που ήθελαν.
• Ιγιάπα: θεός που σχετιζόταν με τον καιρό.
• Ίντι: θεός του ήλιου. Θεωρείτο ο σημαντικότερος θεός κι από αυτόν λεγόταν ότι προέρχονταν οι Αρχηγοί των Ίνκα.
• Κον: θεός της βροχής και του ανέμου, γιος του Ίντι και της Κίγια.
• Μάμα Κότσα: θεά της θάλασσας, προστάτισα των ναυτικών και των ψαράδων.
• Μάμα Πάτσα ή Πατσαμάμα: σύζυγος του Πατσακάμακ, δράκαινα θεά της γονιμότητας. Προκαλούσε τους σεισμούς.
• Μάμα Κίγια: θεά της σελήνης και του γάμου, κόρη του Βιρακότσα και της Μάμα Κότσα, αδερφή και σύζυγος του Ίντι.
• Μάμα Ζάρα ή Ζαραμάμα: θεότητα των σιτηρών.
• Πατσακάμακ: χθόνιος θεός της δημιουργίας.
• Παριακάκα: θεός του νερού και των καταιγίδων. Γεννήθηκε σαν γεράκι, αλλά μεταμορφώθηκε σε άνθρωπο.
• Σουπάι: θεός του θανάτου και άρχοντας του Ούκα Πάτσα.
Στοιχεία και σύμβολα
• Η Μάμα Όκλιο ήταν αδερφή και σύζυγος του Μάνκο Κάπακ και λέγεται ότι έμαθε στο λαό των Ίνκα το γνέσιμο.
• Ουάκα ονομάζεται ένα ιερό αντικείμενο ή μέρος.
• Τσακάνα ονομάζεται ένα σύμβολο των Ίνκα, που συμβολίζει τους τρεις στύλους του κόσμου τους: τον Κάτω Κόσμο, τον παρόντα κόσμο και τον Άνω Κόσμο (παράδεισο). Τα τρία επίπεδα επίσης συμβολίζονται από το φίδι, το πούμα και τον κόνδορα.